Ihmiset ovat kautta aikojen vaikuttaneet jokiuomien luonnollisiin olosuhteisiin. Uomia on esimerkiksi perattu ja suoristettu sekä niiden virtaamaa on säädelty padoin. Nämä toimet ovat heikentäneet vesistöjen ekosysteemejä ja vähentäneet elinympäristöjen monimuotoisuutta. Jokien patoaminen on vaikuttanut esimerkiksi luonnonkalakantoihin estämällä lohien kutemisen ja nousemisen jokiin. Padottuja jokia on purettu ja ennallistettu luonnontilaisiksi. Ihmisen tekemien muutosten lisäksi jokiuomat muuttuvat luonnollisesti virtaavan veden ja sen kuljettaman aineksen yhteisvaikutuksesta. 

Myllyojan uoman leveys, syvyys ja pohjan laatu vaihtelevat. Myös uomassa virtaavan veden määrä vaihtelee vuodenaikojen mukaan. Keväisin, lumien sulettua uomassa virtaa runsaasti vettä. Kesän edetessä virtaus hidastuu ja vesimäärä ojassa vähenee. Syksyllä kovat sateet aiheuttavat syystulvia. Talvella sade tulee yhä useammin vetenä ilmastonmuutoksen myötä. Talvisateet ja -tulvat tulevat lisääntymään, mikä vaikuttaa myös Myllyojan talviaikaisen veden määrään sekä ravinteiden ja maa-aineksen huuhtoutumiseen pelloilta.

Ilmastonmuutoksen ohella myös muu ihmistoiminta, kuten alueen maankäyttö, on vaikuttanut Myllyojan luonnollisiin olosuhteisiin. Padolla säädellyn virtaaman lisäksi 1900-luvulla Myllyojaan laskettiin vanhan verkatehtaan jätevesiä, jonka seurauksena kankaiden värjäykseen käytetyt värit värjäsivät myös Myllyojan veden. Siksi Myllyojan yläosaa kutsutaan myös Väriojaksi.